小麥赤霉病可防難治，發病后用藥防治效果很差，應及時用藥預防。在田間有小麥開始開花時（揚花株率5%～10%）用藥。用藥時間推遲，防效下降。小麥抽穗揚花期陰雨天多或品種易感病，在首次施藥后間隔5～7天再防治一次。小麥抽穗期如果陰雨天多，赤霉病有流行趨勢，噴藥寧早勿遲，不能等到天晴時或小麥揚花時再噴藥，應搶在雨前或雨隙多次噴藥防治，使用內吸性好、持效期長的農藥首次施藥時間可以提前到小麥抽穗初期。種田大戶應根據規模大小合理安排施藥時間，抽穗期有雨時應搶在雨前施藥，寧早勿遲。最好是能提前噴施新高脂膜形成一層高分子膜，優化植物吸水、透氣、透光質量。屏蔽病蟲撲食信號和削弱傳播媒介，抵抗和防御自然環境災害。
適用于防治小麥赤霉病的藥有氰烯菌酯、戊唑醇、多菌靈、甲基硫菌靈、咪鮮胺、烯肟菌酯等。赤霉病病菌對多菌靈已普遍產生高水平抗性，不宜單用多菌靈或多·酮防治赤霉病，宜選用氰烯菌酯及其與戊唑醇、己唑醇的混配劑，戊唑醇與多菌靈、咪鮮胺、噻霉酮的混配劑防治，注意不管咋樣混配必須了解清楚是否能夠一起使用，最好時配合新高脂膜一起使用，可改造高毒農藥為中毒，中毒農藥為低毒，低毒農藥為微毒。控制農藥揮發飄逸，防小雨水沖刷，降低每畝用藥量（減半），提高防治效果（多倍）。
